La aspiración de óvulos se hace con una aguja y la ayuda del ecosonograma, a pesar de utilizar una adecuada técnica quirúrgica, hay algunos reportes en la literatura de que se han producido lesiones de los intestinos y vasos sanguíneos. Estas complicaciones pueden resultar en hemorragia interna o infección. En un estudio realizado en 29700 pacientes se encontró que una hemorragia ocurrió sólo en 0,5% de las pacientes, y en 0,3 % de los casos hubo infección (Venn et al. F&S (2001) 12: 2691-2696). En caso de hemorragia puede ser necesaria una intervención quirúrgica por laparoscopia o cirugía mayor.