Si la mujer produce más de 6 óvulos, existe la posibilidad de que se obtengan muchos embriones. Para disminuir la probabilidad de tener embarazos múltiples se colocan en el útero sólo uno o dos blastocistos (embriones de 5 días), o máximo tres si son embriones de 72 horas.
Los embriones que no se coloquen en el útero, si continúan su desarrollo hasta blastocisto serán criopreservados para guardarlos para futuros embarazos de la pareja, sin necesidad de tener que pasar otra vez por todo el proceso de la Fecundación in vitro.
La congelación de los embriones se hace con sustancias especiales y una computadora que baja la temperatura muy lentamente, de una forma controlada. Luego, los embriones criopreservados son almacenados en tanques de nitrógeno líquido a -196° C. La congelación de embriones en mamíferos se ha realizado con éxito desde 1972, el primer bebé probeta nacido después de congelación y descongelación en el mundo nació en Australia en 1983, y en Venezuela nació en UNIFERTES en 1991.
La vitrificación de embriones, más recientemente desarrollada ha brindado mejores tasas de embarazo y es el método que se utiliza actualmente en los mejores centros de fertilidad del mundo.
La supervivencia de los embriones, después de los procesos de criopreservación (congelación/vitrificación) y descongelación, está relacionada con el potencial biológico que tenían los embriones antes de ser congelados. Los embriones que no sobreviven estos procesos, tampoco hubieran llegado a desarrollarse aunque no hubieran sido criopreservados.
Si la pareja no desea tener un segundo embarazo y decide no elegir la criopreservación, solamente seis óvulos serán colocados junto con espermatozoides para que ocurra la fecundación, para minimizar la producción de muchos embriones.